Чрез еволюцията растенията и животните са развили защитни механизми, включително химически репеленти и токсини, срещу атакуващи организми. На свой ред атакуващите организми са разработили механизми, които им позволяват да детоксикират или по друг начин да устоят на защитните химикали на своите гостоприемници. По този начин изглежда, че повечето видове вредители вече съдържат гени, които им позволяват да се разграждат ензимно или по друг начин да заобикалят токсичните ефекти на много видове химикали, които са разработени като съвременни пестициди. Следователно резистентността към пестициди е генетично базиран феномен и възниква, когато пестицид се използва върху популация, съдържаща някои индивиди, генетично предразположени да бъдат резистентни към този пестицид. Повтарящите се приложения и по-високите нива на третиране ще унищожат нарастващ брой вредители, но устойчивите оцелели ще предадат гените за резистентност на следващото поколение. Освен ако не се използва различен режим на третиране, популацията ще съдържа все по-голям брой резистентни вредители и където репродуктивните нива са високи, например при насекомите, цялата популация бързо ще стане резистентна.
След като даден вредител е развил резистентност към определен пестицид, е необходимо да има други средства за контрола му. Един метод е да се използва различен пестицид, особено такъв от различен химичен клас, който има различен начин на действие срещу вредителя. Трябва обаче да се внимава в популацията да не се въведе множествена резистентност, т.е. резистентност към няколко класа пестициди. Най-добрата стратегия е да се избегне изграждането на резистентна популация и за това са разработени различни процедури. Препоръчват се различни стратегии за управление, за да се избегне натрупването на резистентни популации поради употребата на пестициди. EPA на САЩ и канадската PMRA изготвиха схема за доброволно етикетиране, заедно с препоръки за избягване на резистентност, предоставяне на начин на действие и информация за целевото място на потребителите.